Depuis octobre 2018, une loi burundaise encadre les activités des ONG étrangères et leur demande notamment de déclarer les origines ethniques de leurs employés. Elles avaient jusqu’au 31 décembre pour le faire. Dans un communiqué du 7 janvier 2019, l’ONG précise n’être « plus en mesure de mener ses projets en raison des décisions du gouvernement burundais vis-à-vis des ONG internationales » qui constituent, selon elle, « une ligne rouge qu’elle n’entend pas franchir ». Présente depuis 1992 au Burundi, Handicap International ne veut pas « être complice d’une forme de discrimination ethnique ».